大多数的疾病在治疗中或治疗后都多少可能发生与治疗目的无关甚至相反的并发症，牙齿的根管治疗（俗称烂神经）也不例外，通常的并发症有；
（一）：急性炎症反应，在根管治疗术过程中或充填后，少数患者会出现局部肿胀，咬合痛，自发痛等症状。据统计发生率在10%左右，其原因是，根管器械在根管内的“活塞”作用，有机会把坏死物质推出根尖孔，根管内药物的刺激，根管内细菌毒力增强，一旦发生上述炎症，应仔细检查，确定原因后针对性处理。轻微肿痛者暂不处理，可适当给予止痛药或抗生素。
（二）：器械分离于根管内，根管内器械分离是造成根管堵塞的常见原因之一，常常影响根管治疗顺利进行。据报道器械分离发生率为2.09%，原因包括器械金属疲劳，消毒液腐蚀损害器械，旋转角度，进路不通畅等原因。分离于根管内的器械要尽可能取出，若取不出来经常规充填后，其成功率不受明显影响。
（三）：髓腔穿孔，髓腔壁穿孔易发生于髓腔的狭窄部分和根管弯曲处，一般来说，穿通处直径小于1mm者，应在充分止血后用氢氧化钙糊剂或氧化锌丁香油糊剂覆盖穿孔处，后期观察再治疗。
（四）：皮下气肿，在根管治疗术过程中，由于使用压缩空气吃干根管，或使用过氧化氢液时因氧气分解溢出根尖孔，进入面颈部皮下疏松结缔组织内，而发生皮下气肿。这种发病急骤，数分钟内明显肿胀，患区触诊时有捻发音，患者不感疼痛，但感觉运动不自如，皮下气肿应与血肿鉴别，后者无捻发音，是由皮下出血而致，皮下气肿一般不需要特殊治疗，可给予抗生素以防止感染。
（五）：牙折，根管治疗术中或术后，牙折时有发生，而且类型各异，一般包括冠折，根折，冠根折和根纵裂，临床表现为吃东西不适甚至持续疼痛，牙周损害等症状，发生牙折的原因主要是龋洞过大，除去龋坏后，牙齿剩余硬组织薄弱，牙齿术后因无牙髓的营养供给，脆性增大，弹性减小等，牙折的处理应遵循保存的原则，根据牙折的类型，选择不同的处理方法，故牙齿在开始根管治疗时，应根据具体情况，降低原有牙齿的高度，减轻牙齿的颌力，减少牙齿折裂的可能性，并应少用患牙，禁忌用患牙咬硬物，治疗完成后应作冠保护修复等。
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