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用高版本R的人注意了

用高版本R的人注意了

作者: gtt儿_生物信息学习 | 来源:发表于2019-10-26 09:51 被阅读0次

    微信公众号:生物信息学习

    当我们安装R包的过程中,使用到了如下命令:

    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    

    但是却出现了如下错误:

    Error: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install

    在R3.5以及之后的版本,安装Bioconductor包都需要用BiocManager。

    点开报错中的链接我们可以学习如何在新版本的R中安装所需要的R包。

    那如何用BiocManager安装包呢?
    首先安装BiocManager,命令如下:

    install.packages("BiocManager")
    

    然后

    BiocManager::install("ggplot2")
    

    即可以把我们需要的包安装了!!
    如果想要查看BiocManager可以安装哪些包,其中在官网上有链接:
    https://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software
    也可以用命令查看

    BiocManager::available()
    

    如果我们想要查某一个包是否在BiocManager里,可以用

    BiocManager::available("ggplot2")
    

    可以看到含有ggplot2这几个字符的包有以下几个

    image

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