TCGA条码

简介

条码（Barcode）是TCGA纳入的每一个标本的专有标识符。

条码结构

条码结构 条码各部分的含义

编制流程

理解条码的编制流程（见下图），有助于我们更好的解读条码。​

Barcode编制流程图

简而言之，编码机构BRS（Biospeciman Core Resource）根据来源机构（Tissue Source Site，TSS）和捐献者（Participation），给予编号TCGA-02 和 TCGA-02-0001，根据组织类型（Sample）如癌组织、正常组织等，编为TCGA-02-0001-01（01-09为癌组织，10-14为正常组织，组织类型编码详见https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes）。同一种组织的标本又会被分装进不同容器（Vial），同一容器内又可分为多个小份（Portion），进一步编为 TCGA-02-0001-01B和TCGA-02-0001-01B-02。样品送至检测机构后，制备成不同的分析物（Analyte）检测，用不同字母编码，例如D表示DNA，R表示RNA。同一份分析物在检测过程中被加到检测板的某一加样孔中，分别编号 TCGA-02-0001-01B-02D-0182和TCGA-02-0001-01B-02D-0182-06。

组织类型编码
分析物编码

应用

以上大致介绍了TCGA条码包含的信息。其中我们最为关注实际上是来自不同捐献者的组织类型，往往决定分组，例如根据捐献者种族分为亚裔和非亚裔，根据组织类型分为肿瘤组、正常对照组。

代码举例：

num<-as.numeric(substring(id,14,15))  #截取字符串后转为数字
group_list=ifelse(num%in%1:9,”Tumor”,”Normal”)  #ifelse实现分组

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