人类大脑中的细胞（约1700亿个）比宇宙星系中的恒星还多，每个细胞可以有多达1万个连接。由此可见，中枢神经系统（CNS）是十分复杂的。这些细胞的类型、转录组表达程序和空间排列可能是独一无二的，并为研究健康和疾病中的中枢神经系统功能提供了关键的见解。
然而，这种生物复杂性造成了处理神经样本时的技术挑战。
▶ 如何在起始样本的细胞和细胞核之间进行选择？
▶ 需要做什么才能得到干净的单细胞测序样本？
▶ 如何优化组织以进行空间分析？
单细胞神经样本如何更好的制备？快准备好你的小本本，答案来了！
PART01：单细胞还是细胞核？
用细胞还是细胞核做实验？这一个重要的决定，而答案取决于具体实验的需求。
有哪些类型的组织？
你可以自由选择想要的组织类型。不论是新鲜组织还是固定组织都允许你选择提取单个细胞还是细胞核。然而，冷冻组织则需要细胞核来进行实验。
要研究什么分析物？
选择的特定实验可能有输入要求：例如，单细胞GEX与细胞和核都兼容。然而，ATAC需要细胞核作为输入，而V(D)J和细胞表面分析则需要整个细胞。
你对哪种细胞感兴趣？
实验设计考虑之后是技术考虑。一些较大的中枢神经系统细胞类型，如神经元，很难从组织中分离出来，需要使用细胞核。RNA含量低的细胞（如小胶质细胞）可能难以分解，因此选择细胞核是更有利的。
PART02：优化必不可少
优化神经样本准备可帮助实验室确保重现性，获得可靠的数据，并节省时间和资源。然而，神经组织的细胞和解剖异质性意味着你需要根据你的样本类型、实验方法以及你是在观察单细胞还是空间转录组学来调整样本准备。
图片来源：doi: 10.1242/dev.200180.
髓鞘可能是来自大脑的单细胞制备的主要障碍，因为它会导致细胞和细胞核聚集在一起，造成前处理样本很“脏”和堵塞微流体设备。虽然起始组织中的髓磷脂含量因大脑区域和发育阶段而异，但在样本中建立髓磷脂清除策略以及对最终的预文库准备悬液的QC检查是至关重要的。
同时，空间方法可能需要微调。最佳切片温度、厚度和通透性时间取决于神经组织类型（大脑、眼睛和脊髓）、固定状态和疾病类型。较硬的组织（如实体瘤）可能需要不同的切片条件，而极软的组织（如眼睛和胚胎脑）应同时冷冻和嵌入以保存形态学。
图片来源：doi: 10.1038/s41576-019-0150-2.
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