R语言circlize包实例1

原文地址

https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/circos-plot.html

代码

library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")
df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),
               x=rnorm(1000),
               y=rnorm(1000))
head(df)
circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)
circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,
                       panel.fun = function(x,y){
                         circos.axis()
                       })
for(i in 1:6){
  highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])
  circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
              labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))
}
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
circos.link("chr1",0,"chr2",0)
circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")
circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")
circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")
circos.clear()

image.png

这里遇到一个问题是

circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)

为什么circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)没有新创建一圈呢？
第二个问题是：
circos.text()函数的两个参数

• CELL_META$xcenter
• CELL_META$ycenter
  是哪里来的呀？如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗？
  另外的参数
• sector.index
• track.index

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