samtools: fastq

从bam文件中提取出符合特定要求的fastq文件

samtools fastq [options] input.bam

options:
-1 : 输出为双端测序的read 1
-2 : 输出为双端测序的read 2
--barcode-tag : 根据metadata中CB:Z:cell-barcode一列的信息对fastq进行选择输出；cell-barcode可以是一个，也可以是由一个以上的cell-barcode组成的文本文件

cell-barcode
Note : 相对于 CR:Z: 来说，CB:Z: 会在 cell-barcode 后面添加 -1，这个函数要使用添加了 -1 以后的 cell-barcode

使用一：从 bam 文件中提取特定细胞的 fastq，并分成 read 1 和 read 2 两个序列文件输出

samtools fastq --barcode-tag barcode.txt -1 read_1.fastq -2 read_2.fastq input.bam