bedtools: getfasta

知道feature在基因组上的位置，用来获得feature的序列

bedtools getfasta [options] -fi genome.fasta -bed bed6/bed12 -fo out.fasta

-fi : 全基因组序列fasta文件
-bed : 有feature位置信息的文件，要求是bed格式，可以是bed6或者bed12
-fo : 得到的feature的fasta文件的文件名

bedtools getfasta -name -fi genome.fasta -bed bed6/bed12 -fo out.fasta

-name : 用bed文件的第四列来命名每条序列