在做整合分析的时候发现这个参数被改来改去,竟然还不知道是什么意思。
问题:设置DefaultAssay 为"integrated" 或 "RNA"是什么意思,他们有什么区别么?
在Seurat的官方教程中:https://satijalab.org/seurat/v3.2/immune_alignment.html
# 进行整合分析
DefaultAssay(immune.combined) <- "integrated"
# 进行识别保守细胞类型标记
DefaultAssay(immune.combined) <- "RNA"
数据集成过程将返回一个“修正”值的矩阵。
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