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Seurat中的DefaultAssay

Seurat中的DefaultAssay

作者: 信你个鬼 | 来源:发表于2020-09-22 23:44 被阅读0次

    在做整合分析的时候发现这个参数被改来改去,竟然还不知道是什么意思。

    问题:设置DefaultAssay 为"integrated" 或 "RNA"是什么意思,他们有什么区别么?

    在Seurat的官方教程中:https://satijalab.org/seurat/v3.2/immune_alignment.html

    # 进行整合分析
    DefaultAssay(immune.combined) <- "integrated"
    
    # 进行识别保守细胞类型标记
    DefaultAssay(immune.combined) <- "RNA"
    

    数据集成过程将返回一个“修正”值的矩阵。

    1.设置为integrated可以理解为:这是整合后的数据。您可以将其看作批处理调整的数据。
    2.将DefaultAssay设置为“RNA”,意味着接下来的分析将基于原始值。
    3.可以使用整合的数据进行聚类。但是对DE使用integrated是不合适的,而且大多数工具只接受原始的DE计数。

    参考:https://www.biostars.org/p/399789/

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