重测序PCA分析

plink --vcf all.chromosome.SNP.changID.vcf --make-bed --out snp --chr-set 26 no-xy

gcta64 --bfile snp --make-grm --autosome --out tmp

gcta64 --grm tmp --pca --out pcatmp

pcatmp.eigenvec

最终就会有各个样品PC的值，然后画图着色就可以了。