structure 分析

作者: jjjscuedu | 来源:发表于2021-02-03 11:11 被阅读0次

==============转化vcf为plink格式=============

vcftools --vcf all.var.flt.vcf --plink --out out

plink --file out --make-bed --out hapmap --noweb

======structure分类=====================

admixture hapmap.ped 5 //分成5类的情况可以调整数字进行不同的类别分类

hapmap.5.Q

然后调整顺序并利用R画图

tbl_5=read.table("hapmap.5.Q")

barplot(t(as.matrix(tbl_5)), col=rainbow(5),ylab="Ancestry", border=NA,space=0)

K=3和K=4的结果

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