基于vcf文件构建进化树

===========第一种方法利用VCF2Dis生成距离矩阵===================

VCF2Dis -i all.chromosome.SNP.changID.vcf -o p_dis.mat  //我大概600多份样品，也运行了3天左右

然后利用fastme转化成为树的格式（nwk）（链接：http://www.atgc-montpellier.fr/fastme/）

转化为newick格式

我个人喜欢iTol（https://itol.embl.de/）来调整样式

==================第二种方法 转化vcf文件为phylip 格式==========

python vcf2phylip.py --input myfile.vcf --fasta --nexus 

然后，利用phylip构建进化树

phylip 在命令行中可以根据提示输入参数，也可以用含有参数的文本导入参数。

利用dnadist：计算距离矩阵，最耗时，几千个SNP可能需要1天甚至数天。 参数文本dnadist.par //有点耗时间

$ cat dnadist.par

myfile.vcf.phy

2 #将软件运行情况显示出来

Y #确认以上设定的参数

$ dnadist < dnadist.par

$ mv outfile dnadist.out

生成距离矩阵，然后利用neighbor: Neighbor-Joining 构建进化树

我最好还是在iTOL里面进行样式调整