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lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库

lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2019-01-23 09:31 被阅读11次

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    lncRNome是一个综合性的人类lncRNA数据库,中收录了超过17000个lncRNA,网址如下

    http://genome.igib.res.in/lncRNome/

    在该数据库中,提供了以下几种lncRNA的信息

    1. 染色体位置

    2. 基因类型

    3. 功能描述

    4. 相关疾病

    除此之外,利用多组学分析,还提供了以下两种信息

    1. lncRNA相互作用的蛋白

    2. lncRNA上的SNP位点

    3. lncRNA上的甲基化位点/组蛋白修饰区域

    官网提供了多种检索方式,可以通过lncRNA Id, 染色体编号,基因类型等方式进行检索,示意如下

    HOTAIR为例,检索结果包含以下信息

    1. 基本信息

    这部分包含了lncRNA的name, 类型,染色体定位,长度,相关疾病,文献等信息,示意如下

    2. 序列和二级结构

    lncRNA的序列来自UCSC,二级结构采用RNAfold软件预测得到,示意如下

    3.  与蛋白质的相互作用

    4. 位于lncRNA区域的SNP位点

    5. 相关的表观修饰

    包含了甲基化和组蛋白修饰信息,示意如下

    该数据库是免费下载的,可以下载以下数据

    ·end·

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