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lncRNome是一个综合性的人类lncRNA数据库,中收录了超过17000个lncRNA,网址如下
http://genome.igib.res.in/lncRNome/
在该数据库中,提供了以下几种lncRNA的信息
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染色体位置
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基因类型
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功能描述
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相关疾病
除此之外,利用多组学分析,还提供了以下两种信息
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lncRNA相互作用的蛋白
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lncRNA上的SNP位点
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lncRNA上的甲基化位点/组蛋白修饰区域
官网提供了多种检索方式,可以通过lncRNA Id, 染色体编号,基因类型等方式进行检索,示意如下
以HOTAIR
为例,检索结果包含以下信息
1. 基本信息
这部分包含了lncRNA的name, 类型,染色体定位,长度,相关疾病,文献等信息,示意如下
2. 序列和二级结构
lncRNA的序列来自UCSC,二级结构采用RNAfold
软件预测得到,示意如下
3. 与蛋白质的相互作用
4. 位于lncRNA区域的SNP位点
5. 相关的表观修饰
包含了甲基化和组蛋白修饰信息,示意如下
该数据库是免费下载的,可以下载以下数据
·end·
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