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EVLncRNAs:最大的实验验证过的lncRNA数据库

EVLncRNAs:最大的实验验证过的lncRNA数据库

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2019-01-23 09:32 被阅读30次

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    在已有的lncRNA数据库中,包含了两种类型的lncRNA, 一种是实验手段证实过的lncRNA, 另外一种是软件预测出来的lncRNA,其中软件预测的结果是存在很多的假阳性的。

    EVlncRNAs是目前最大的实验验证的lncRNA数据库,收录了来自动物,植物,微生物共77个物种,1543个lncRNA, 除了染色体位置,外显子个数,长度等基本信息外,还提供了lncRNA相关的疾病,lncRNA功能注释,lncRNA与其他分子的相互作用等信息,数据库网址如下

    http://biophy.dzu.edu.cn/EVLncRNAs/

    H19这个lncRNA为例,包含了以下几种信息

    1. 基本信息

    包括lncRNA id, name, 染色体定位,外显子个数,转录本编号等基本信息,示意如下

    2. lncRNA相关疾病

    通过整合了lncRNADisease, lnc2Cancer等数据库以及已经发表的文献,提供了lncRNA相关的疾病信息,示意如下

    3.  功能注释

    4.  相互作用

    包括了lncRNA与miRNA, protein, TF等相互作用信息,示意如下

    该数据库中的信息是免费下载的,示意如下

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