NAMD、VMD笔记

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD下载VMD至e盘，解压缩至C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD

https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=NAMD下载NAMD，解压缩至C:\NAMD_2.13_Win64-multicore

set env path variables#改变环境变量

打开cmd

cd /#清空当前路径

namd2#查找此exe文件

期间出现“由于找不到MSVCR100.dll,无法继续执行代码,重新安装程序可能会解决此问题”，

解决方法：“下载安装Microsoft Visual C++ 2010(VC2010运行库)程序语言编译环境就能解决

官网下载地址：https://www.microsoft.com/zh-CN/download/details.aspx?id=14632”

然后在cmd中出现这样的提示：

charm++ fatal error：no simulation config file specified on command line。这是说没有参数配置文件

按教程应该是要有configuration（.conf）文件的，但是我没找到，configuration file是配置文件，其中用户指定NAMD的所有选项在运行模拟时应采用。配置文件告诉NAMD如何运行模拟，告知NAMD分子动力学模拟的各种参数，比如PDB文件和PSF文件的储存位置，结果应当储存在哪里，体系的温度等等

由于看到网上有人说.conf文件是跑分子动力学的参数文件，包括各种参数信息，安装namd是不需要的，只需要解压就行，所以目前只改变了环境变量的我是不需要担心运行过程中有什么问题的，等到以后需要用到.conf文件的时候再说吧