下载

网址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
对非商业用途用户免费注册下载，操作简单

使用

打开后有三个窗口，分别是

• 文件窗口
• 显示窗口

• 日志窗口

  
  image.png

读入pdb文件。

pdb文件可以在PDB数据库中下载

image.png

注意：文件路径名不能有中文，否则会报错：Unable to load
当日志窗口显示： Finished with coordinate file C:/Users/Administrator/Desktop/xxxx.pdb. 即为成功读取文件。

image.png

鼠标中键可以放大缩小，左键按住图像随意转动

• 碳原子：青色
• 氮原子：蓝色
• 氧原子：红色
• 氢原子：白色
• 硫原子：黄色

在文件窗口中“Mouse”选项可以改变鼠标操作规则
Graph-Representation选项中调整细节参数，如

设置颜色方案

Name：以原子着色
Secondary Structure：以不同二级结构着色
ResType：根据氨基酸类型着色

image.png

对不同原子进行设置

image.png

VMD图形叠加

image.png

1：复制该蛋白结构图形
2：当前操作图形层次
3：以什么作为颜色显示
4：显示的是“蛋白表面Surface”，“8”代表透明色
注：双击在“2”中的图层可以隐藏图层，字体显示 红色，再双击则恢复，字体显示 黑色。

调节背景等颜色

在Graph-Color选项中可以调节背景颜色或原子颜色等等

image.png

图形保存

保存为.vmd文件，下次可以直接用“Load Visualization State”打开

image.png