思考
经历过linux安装,linux使用,miniconda安装及简单使用,R及Rstudio安装及简单功能了解后,我认为在生信分析过程中需要以下几个过程:
- linux系统
由于linux比window更擅长大批量数据的处理,因此在少量数据分析的情况下,可以考虑在window下,但是在大批量数据分析时,使用linux系统更好一些。此外,很多分析软件不支持window系统; - conda
conda是linux系统下的应用管理软件,我们通过它下载,管理软件,并且通过它进行搭建不同的conda环境,进行不同的分析任务;我们进行生物信息学分析主要在这个环境中进行; - R及Rstudio
仅仅我目前对两者的了解,主要是用于统计计算和作图方面,类似于SPSS?至于R包,我认为相当于一个固定的指令,输入原始数据A,导出结果B。
现阶段遇到的困难
- 对linux、conda、R语言较陌生,需要增强基础知识;
- 对生物信息分析没有具体过程的了解,因此无法将所学知识联系起来,也无法认识到各部分所具有的功能。
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