L_RNA_scaffolder | 转录组序列对基因组序列的

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1. L_RNA_scaffolder简介

L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torrent的测序结果，也可以是illumina测序的de novo组装结果。

在使用此软件进行scaffolding之前，需要将这些长的转录子序列使用BLAT软件map到基因组上，得到PSL（without heading）文件。将此PSL文件和基因组的初步组装结果文件输入到L_RNA_scaffolder,很快能得到结果文件。

2. L_RNA_scaffolder的安装

$ wget http://www.fishbrowser.org/software/L_RNA_scaffolder/downloads/L_RNA_scaffolder.tar.gz
$ tar zxf L_RNA_scaffolder.tar.gz
$ cd L_RNA_scaffolder

运行软件的主程序，不加参数给出帮助信息

$ ./L_RNA_scaffolder.sh

3. L_RNA_scaffolder的使用

先使用blat，将转录子序列比对到基因组

$ blat genome.fasta transcripts.fasta -noHead out.psl

再使用L_RNA_scaffolder.sh得到最终的基因组文件

$ mkdir L_RNA_scaffolder_output
$ /opt/biosoft/L_RNA_scaffolder/L_RNA_scaffolder.sh  \
  -d /opt/biosoft/L_RNA_scaffolder/ \
  -i out.psl \
  -j genome.fasta \
  -o ./L_RNA_scaffolder_output

最终的结果文件为./L_RNA_scaffolder_output/L_RNA_scaffolder.fasta

Wei Xue，Jiong-Tang Li，Ya-Ping Zhu，Guang-Yuan Hou，Xiang-Fei Kong. L_RNA_scaffolder: scaffolding genomes with transcripts.Xue et al. BMC Genomics 2013, 14:604

http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/604
https://xueshu.baidu.com/usercenter/paper/show?paperid=1n3a0m70k6380x50de0p06201h288982

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