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使用GATK进行全基因组数据分析后获得vcf文件，对不同品种变异

使用GATK进行全基因组数据分析后获得vcf文件，对不同品种变异

作者: PS小易同学 | 来源:发表于2022-10-11 23:02 被阅读0次

使用GATK进行全基因组数据分析后获得vcf文件，对不同品种变异数据进行特异共有变异位点数据提取

使用工具 BCFtools

bcftools的安装

mamba creat -n bcftools -c bioconda bcftools

激活环境

conda activate bcftools

使用bcftools压缩vcf文件；如不压缩将会报错 not compressed with bgzip

bcftools view file.vcf -Oz -o file.vcf.gz

创建索引

bcftools index file.vcf.gz

提取材料A中特异位点

bcftools isec -C A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz D.vcf.gz  -Oz -o A.unique.vcf.gz

参数含义 -C,--complement 输出只存在第一个文件中但在其他们中不存在的变异位点

-O 输出类型 z 输出vcf压缩格式 -o 输出文件名

今天休息一天没去实验室在寝室远程，太卡不写了明天继续

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