阿拉伯文明的传入,导致了经院哲学内部的一场大论战,尽管托马斯主义很快取得了奥古斯丁主义占据了统治地位,但要恢复到当年奥古斯丁主义的统治水平却是不可能的,还在托马斯时代,罗吉尔培根就以他卓越的实验科学思想和思想哲学预示了新时代的曙光,后期的斯各托主义和奥康的威廉主义这一方面企图恢复奥古斯丁时代宗教的纯洁,把理性从宗教中排斥出去,从而在客观上导致了理性的独立。
另一方面又发扬了唯名论思想,成为了近代唯物主义哲学的先驱,而在德国艾克哈特的神秘主义思想则以泛神论的形式给予正统经院哲学以沉重打击所有的这些因素的共同作用,再加上14世纪由意大利发端的文艺复兴人文主义运动导致了经院哲学的解体。
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