*参考生信星球--生信小白第3天-linux的App Store

今天的学习是在服务器上使用miniconda管理生信软件。

使用服务器时由于没有root权限，安装软件就是一个碰运气的事，但是用源码安装吧，又要解决很多依赖。所以有时候时间都花在了安装软件上(当然也有可能是我学艺不精(ಥ_ಥ))

conda就可以很好的解决这个问题，让生信小白可以不卡在软件安装这一步(说起来都是泪呀)。conda是最方便快捷的软件下载器，作用相当于App Store，90%的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用它的精华版——miniconda就可以了。

一、miniconda的安装:

---

uname -m#查看服务器版本

wget+下载地址#在miniconda官网上找到适合自己服务器的版本右键—复制下载链接

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行刚才下载的脚本

---

        接下来就是等待安装结束了，需要时不时地点点Enter键、输入yes什么的，大家都懂得。

        安装结束后需要激活conda

---

source ~ /.bashrc

#添加国内镜像，加快软件下载速度

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

---

二、miniconda的使用:

---

conda list#查看当前所有软件

conda search 软件名#搜索软件

conda install 软件名 -y#安装软件，可以指定软件版本，如:conda install fastqc=0.11.7 -y

conda remove 软件名 -y#卸载软件

#关于conda环境。我的理解就是相当于linux系统的目录吧，优先搜索当前目录下的信息，不过conda隔绝的更彻底，不能通过绝对路径用其他环境的信息。conda环境的好处是处理多个项目，互不干扰。

conda info --envs #查看当前conda有哪些环境(前面带*的就是默认的)

conda create -n 环境名 python=3 fastqc trimmomatic -y #创建一个新的环境名，并安装python3、fastqc、trimmomatic软件

source activate 环境名 #激活新的环境

conda remove -n 环境名 软件名 -y #卸载某个环境中的软件

conda remove  -n 环境名 --all #卸载环境

注意:卸载环境时，需要先退出当前环境。

---