孙中山正在日本长崎考察铁路政策，忽闻宋教仁被刺身死，极为悲悼：“作民权保障，谁非后死者；为宪法流血，公真第一人。”他立即致电北京国民党本部和上海国民党交通部，令党人合力查出宋氏被刺的真实原委，以谋昭雪。
国民党上海交通部发布通告：本党代理理事长宋先生之丧，各党员缠黑纱志哀。
宋教仁为何被刺？何人所刺？各有说法。大多数人尤其是国民党方面，认为是袁世凯；北洋方面则散播空气说是国民党内讧，自相残杀。
24日，直接行凶的武士英落网。宋案真相大白：杀人的主使者是大总统袁世凯，同谋犯是国务总理赵秉钧，担任联络的是内务部秘书洪述祖，布置行凶的是上海大流氓应桂馨，直接行凶的是失业军痞武士英。袁世凯笑影尚浓，忽转脸热短脖粗。
黄兴捉笔在手，挥毫泼墨撰挽联：前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
25日，孙中山返抵上海，登岸后即邀集在上海的国民党领袖在黄兴寓邸会商宋案应付办法。孙中山说：“去年，我与克强先后北上，与袁氏握手言欢。他说，以人民国家为念，以一日在职为苦。我说，国民属望于他，大总统非他莫属。而今，他竟然主使刺杀宋遁初，言与行违至于如此！总统行不义，我党理应举兵反抗。”
黄兴说：“国民党不敌北洋派，与其兴师，倒不如在不破坏《临时约法》之下以法律方法抗争。”
国民党多数领袖主张避免使用武力而采循法律途径，商定由江苏都督程德全向袁世凯建议成立一个特别法庭，全权处理宋案。袁世凯表示接受程德全的建议，可是，司法总长以“不合编制”为借口而反对成立这个法庭。
26日，国务院通电各省：上海发现一种监督政府裁判机关，其宣告文内列有宋教仁、梁启超、袁世凯、赵秉钧等罪状，特先判处宋以死刑，即时执行。
4月16日，上海租界捕房把应桂馨和武士英移交给上海地方检察厅。孙中山和黄兴强烈要求，把有关宋案的证件全部发表。
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