分区养殖的基本原理就是将投喂饲料的鱼类圈养于小范围的区域中（约占总水面的2%～5%），通过控制鱼类粪便并及时清理，减少污染；同时将水体95%～98%的面积转化为水质净化区域，并通过科学管理提高污染处理能力，从而提高整体水域的饲料承载能力，达到提高产量的目的。
实践表明，采用分区养殖模式，产量可以大幅度提高，并达到减少污染、节水减排和减少病害的发生。
分区养殖模式的主要优势在于：
（1）改变养殖环境降低病害发生。由于养殖鱼类限制在小范围内，水质尤其是溶解氧便于控制，减少水质昼夜变化对鱼类造成直接影响，提高饲料利用率，即达到提高生长速度，又降低饲料污染，减少环境变化带来的应激从而提高鱼类的健康水平，减少病害发生。
（2）减少养殖过程污染。集中圈养、集中投喂，便于残饵、粪便等池塘养殖主要污染物的直接收集与转移，减少污染。
（3）便于管理、降低能耗。局部水质控制如溶解氧控制能耗大幅度降低；便于观察与管理，如疾病预防、治疗；降低投喂、捕捞等工作量和人工成本。
（4）便于综合利用。由于不同鱼类分开养殖，避免主养品种与控水养殖品种相容性问题，净化区可更加合理地搭配养殖品种，有利于经济效益的提高。
（5）提高水质控制效率。分区养殖可从三个方面降低污染，首先是残饵粪便可大部分直接收集转移；其次是养殖区优质水质环境提高饲料利用率，降低饲料污染；其三是净化区天然生产力的提高。
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