与希腊哲学不同，中世纪哲学——无论是早期的教父哲学还是后来的经院哲学——从来就没有获得过独立的地位，它所讨论的问题都直接或间接地关系到基督教的基本信仰和教义。因此，哲学家们的抽象思想如果不能成为正统基督教信仰和教义的理论依据，就被视为滋生各种异端观点的危险温床。中世纪基督教哲学不再像古希腊哲学那样把眼光投向自然世界和客观存在，而是把灵魂和上帝作为研究的对象。因此中世纪基督教哲学从根本上来说是一种关于主观精神世界的哲学，具体表现为心灵哲学和宗教哲学。中世纪基督教哲学尽管具有种种扭曲和偏颇的形式，但是它对于西方哲学精神向自身内部的深化仍然具有十分重大的意义，构成了西方哲学发展的一个必不可少的环节。
基督教哲学的发展大体上可以分为两个阶段，即早期的教父哲学和后期的经院哲学（大致上以公元11世纪为界）。在教父哲学中，一切哲学问题都采取了神学的形式，教父哲学的实质就是用希腊形而上学的泉水来浇灌基督教的教义之花。经院哲学(Scholasticism)通常又被称为繁琐哲学，它因讲究繁琐的概念辨析和逻辑论证而得名。经院哲学导致了理性神学的产生（托马斯·阿奎那是理性神学的最著名的代表），理性神学虽然仍旧承认信仰的至高无上性和不可动摇性，但是它所倡导的那种注重逻辑证明的方法却无疑为近代理性主义的勃兴埋下了最初的种子。
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