CellPhoneDB的使用

CellPhoneDB主要分成method、plot、query和database4个模块。

安装成功CellPhoneDB后，要先下载CellphoneDB database。下载的地方在cellphoneDB的github里。https://github.com/ventolab/CellphoneDB

练习运行：

在github上下载了test data文件：test_meta.txt,test_counts.txt

在linux命令行输入python3进入python程序，

from cellphonedb.src.core.methods import cpdb_analysis_method

means, deconvoluted = cpdb_analysis_method.call(cpdb_file_path = "/mnt/data/ref/cellphonedb/cellphonedb.zip", meta_file_path = "/mnt/data/ref/cellphonedb/test_meta.txt", counts_file_path = "/mnt/data/ref/cellphonedb/test_counts.txt", counts_data = 'ensembl',output_path = "/mnt/data/ref/a")

注意：

test_counts.txt格式，第一行为：Gene  cell1  cell2...

test_meta.txt：

Cell cell_type

d-pos_AAACCTGAGCAGGTCA  NKcells_1

d-pos_AAACCTGGTACCGAGA  NKcells_0

d-pos_AAACCTGTCGCCATAA  NKcells_1

d-pos_AAACGGGTCAGTTGAC  Tcells

d-pos_AAAGATGCATTGAGCT  NKcells_0

d-pos_AAAGATGTCCAAAGTC  NKcells_0

d-pos_AAAGCAAAGAGGACGG  Myeloid

d-pos_AAAGCAACACATTCGA  NKcells_1

d-pos_AAAGTAGAGAGCCCAA  NKcells_0

d-pos_AAAGTAGCAAGCTGAG  NKcells_0

counts_data选项，要根据test_counts.txt的基因名为哪种形式来选择ensembl，gene_name ，hgnc_symbol

运行成功后，在输出目录有simple_analysis_means_result_xxx.txt和simple_analysis_deconvoluted_result_xxx.txt文件产生

CellPhoneDB可视化参考：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/552055550