read depth per BED region with B

输入按坐标排序过的bam比对结果文件和bed区间信息文件，统计bed文件中，目标区间内比对结果的深度信息。

关于SAM/BAM格式的介绍，参考分析模块 "Map with BWA" 的帮助文档，或者参考：（https://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf）。

关于BED格式的介绍，参考：（http://asia.ensembl.org/info/website/upload/bed.html）。

输入：
1、坐标排序过的bam比对结果文件。
2、bed区间信息文件。

示例：
chr1 2000 4000
chr2 13500 15000
chr3 23000 25000

输出：bed文件内，每个区间内比对结果的深度信息。

示例：
chr1 2000 4000 287685 143.84
chr2 13500 15000 219340 146.23
chr3 23000 25000 294815 147.41

注：

追加的第四列为，bed区间内比对上的碱基总数。

追加的第五列为，bed区间内碱基的平均深度，计算方式为：第四列的值除以bed区间长度。

用SAMtools v0.1.19软件中的bedcov命令进行深度信息的统计（http://samtools.sourceforge.net/）。

命令

samtools bedcov you.bed you.bam

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