Fig 1
对于各种表观组学，如ChIP-seq、ATAC-seq、CUT&TAG、MNase-seq，deeptools是下游分析中非常常用的软件之一。该软件发表于2014年（Fig 1），目前已经引用超1000次。
Fig 2
Fig 3
今天的推送主要介绍deeptools软件的两个主要使用场景，数据质控-相关性分析（Fig 2）和聚类分析（Fig 3）。
01 输入文件的准备
Fig 4
对于比对的sam文件，我们转为bam文件并完成基本过滤和排序，然后转成bw文件。
Deeptools内置了bamCoverage功能，可以完成bam2bw的操作（Fig 4）。
--binSize Size of the bins, in bases, for the output of the bigwig/bedgraph file. (Default: 50)
--normalizeUsing {RPKM,CPM,BPM,RPGC,None}
02 样本相关性分析
Fig 5
Fig 6
multiBigwigSummary选项可以对多个bw文件进行整合（Fig 5），然后结合plotCorrelation和plotPCA可以实现样本相关性分析（Fig 6-10）。
Fig 7
Fig 8
Fig 9
03 聚类分析
Fig 10
Fig 11
computeMatrix可以展示指定位置附近的seq信号强度，它有“scale-regions”和“reference-point”两种模式，前者将指定的区间缩放到指定大小，后者将指定的区间缩放成一个点，实例中使用scale-regions模式，输入了所有基因的位置信息，将每个基因缩放成2k，展示上下游2k的信息（Fig 10）。Bed文件为bed6格式，记得加入正负链信息（Fig 11）
Fig 12
利用plotHeatmap绘图（Fig 12-15）
Fig 13 test1
Fig 14 test2
Fig 15 test3
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