HTseq参数
在HTseq count计数的时候，有一个 -t 参数，后面如果跟着 exon（外显子），那么就是对外显子进行计数，如果跟intron（内含子），那么是对内含子计数
如果有的基因注释比较完善，那么会同时注释到exon和cds，如下图：
这样直接-t exon即可
如果有的基因注释只有cds：
那么你又想看到该基因的表达情况，有一种近似处理就是将cds改成exon，因为cds比exon的长度略短一些，可以做该近似代替。
注意哈，这是一种近似代替
在HTseq count计数的时候，有一个 -t 参数，后面如果跟着 exon（外显子），那么就是对外显子进行计数，如果跟intron（内含子），那么是对内含子计数
如果有的基因注释比较完善，那么会同时注释到exon和cds，如下图：
如果有的基因注释只有cds：
HTseq参数 在HTseq count计数的时候，有一个 -t 参数，后面如果跟着 exon（外显子），那么就是...
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count计数 注释基因下载 全部比对 生成表查看 file:///private/var/folders/5w/...
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本文标题：HTseq计数遇到基因注释只有CDS怎么办
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/hvxzgktx.html
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