特殊情况下，员工即使不能胜任工作，用人单位也不能解除劳动合同。
劳动合同法第四十二条规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同：（―）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；（六）法律、行政法规规定的其他情形。
从上述规定看，不得依照本法第四十条解除劳动合同就包括了员工不能胜任工作用人单位不能解除的情况。
以下6种情况下，用人单位不得以员工不能胜任工作解除劳动合同。
1、从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查的
《中华人民共和国职业病防治法》第三十六条规定，对从事接触职业病危害的作业的劳动者，用人单位应当按照国务院安全生产监督管理部门、卫生行政部门的规定组织上岗前、在岗期间和离岗时的职业健康检查，并将检查结果书面告知劳动者。职业健康检查费用由用人单位承担。对未进行离岗前职业健康检查的劳动者不得解除或者终止与其订立的劳动合同。
2、疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的
《中华人民共和国职业病防治法》第五十六条规定，用人单位应当及时安排对疑似职业病病人进行诊断；在疑似职业病病人诊断或者医学观察期间，不得解除或者终止与其订立的劳动合同。疑似职业病病人在诊断、医学观察期间的费用，由用人单位承担。
3、在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的
根据《职工工伤与职业病致残程度鉴定标准》的规定：评残标准分为10级，1～4级为完全丧失劳动能力；5～10级为部分丧失劳动能力。也就是说，员工患职业病或者因工负伤并被确认1～10级伤残的，即使不能胜任工作，用人单位也不得解除劳动合同。
注意：员工必须是在本单位患职业病或者因工负伤，如果是在其它单位患职业病或者因工负伤的不在此限。
4、患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的
劳动法中的医疗期含义并非指劳动者需治疗的期限，而是一段解雇保护期。《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第二条规定，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。
不是治疗时间多长，医疗期就多长。医疗期期限长短取决于劳动者累计工作年限和本单位连续工作年限。《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条规定，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。注意：这是国内绝大多数地区的计算方式，上海的算法不一样。
如果员工不能胜任工作，但正好处于医疗期时，用人单位不能解除劳动合同。
5、女职工在孕期、产期、哺乳期的
孕期，是指女职工怀孕期间。产期，是指女职工生育期间，国家规定产假为98天，符合奖励或延长产假情况另计。哺乳期，是指从婴儿出生到1周岁之间的期间。法律对“三期”女职工实行特殊保护，就算是女职工不能胜任工作，如果处于”三期“内，用人单位也不能解除劳动合同。
6、在本单位连续工作满15年，且距法定退休年龄不足5年的
劳动合同法考虑到老职工对于企业的贡献较大，再就业能力较低，因此加强了对老职工的保护，在本单位连续工作满15年，且距法定退休年龄不足5年的，如果是男性职工，通常是55岁以上了，这时即使不能胜任工作，用人单位也只能养着直到退休了。
适用时需注意距法定退休年龄不足5年的老职工必须在本单位连续工作满15年才符合解雇保护条件，如果只是年龄达到条件，但未在本单位连续工作满15年，用人单位可以以不能胜任工作为由解雇。
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