一、linux环境下的软件安装

d3-miniconda.png

二、几个操作指令

1.下载

• 查看服务器是多少位的：
  uname -a
• 自动补全
  cd b 按Tab自动变成 cd biosoft
• 下载+链接
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 激活
  source ~/.bashrc
• 镜像
  # 使用清华镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

3.使用

• 查看当前所有软件列表
  conda list
• 搜索软件
  conda search fastqc
• 安装软件
  conda install fastqc -y
• 卸载软件
  conda remove fastqc -y

4.环境

• 查看当前环境 (前面带*是默认)
  conda info --envs

• 建立名为rnaseq的conda环境，
  指定python版本是3，
  安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 检查rna-seq环境建好了没（看*在哪）
  conda info --envs

(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio04/miniconda3
rna-seq                  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq

• 激活rna-seq环境
  conda activate rna-seq
  注：两个变化：
  a.默认的*转移到rna-seq前面；
  b.在用户名前面出现了(rna-seq) 。

(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                     /home/bio04/miniconda3
rna-seq               *  /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq

• 查看fastqc软件
  fastqc