看老大Linus视频初感
2.从哪获得学习资源？
除了一定生信技能树的视频，也可后台回复“马哥”获取马哥视频，自己有时间可经常翻阅《Linus命令行与Shell脚本大全》
3.使用Linus的第一步：认识、了解、探索
用命令行与linus系统建立连接，可批量高效处理数据
- 登陆服务器：ssh 用户名@ip地址
- 切换用户：su
- |：管道符，传递数据
- grep：文本搜索
history | grep addu #在history命令得到的结果中检索addu，然后将结果输出到屏幕
- w：显示目前登入系统的用户信息
- 改密码：password
4.如何不用鼠标只用键盘完成各种操作？-去可视化的命令行
抛弃Win 系统下的鼠标操作，用键盘在Linux非可视化界面敲出命令行，
top #实时动态地查看系统的整体运行情况
which #查看命令在哪个路径
ps -ef #查看进程管理器
ipconfig #查看ip
tab #补全
mkdir -p #一次创建多个文件夹
pwd #进入当前路径
cd - #回到上一个路径
cd #回到家目录
history #查看自己打过的命令
touch #创建一个文件
ls：蓝色是没有权限，进不去
绿色有权限
5.文本处理的小技巧
划重点：命令+参数+文件（命令、参数和文件之间都有空格）
- cat：查看文件，全部显示
cat test.bed #查看test.bed的内容
cat > test.bed #在test.bed里输入内容,按control+c退出
- cat -n：给文件加行号
- head：不输入参数情况下，查看前十行，输入参数 -n，查看正数前n行
tail：不输入参数情况下，查看后十行，输入参数 -n，查看倒数后n行
head -n 5 test.bed #查看正数前5行
tail -n 5 test.bed #查看倒数后5行
-
more：文本很长时，按页显示，按空格键翻页
-
less -S: 杂乱无章的文本可以按行显示，往右移可以看见后面的内容
- “S”为大写
- 按q退出
-
grep：搜索到你想要的并显示出来（大概意思是grep something from somewhere ）
grep H3K4me1 test.bed #从test.bed中搜索出带有H3K4me1的那一行的内容并显示出来
grep -n H3K4me1 test.bed #想知道含有H3K4me1在第几行，用"-n"
- |：管道符：传递命令
cat -n test.bed | grep H3K4me1
- Tab:狠狠狠重要，不要自己把字母都打完，按Tab键补全！！！
- wc：计数行
wc test.bed
- cut：按列切割文本
cut -f 1 test.bed #'-f'的作用是告知cut按列取文本，'1'是取第1列
cut -f 1-3 test.bed #'1-3'是取1到3列
- awk：列之间的填充
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $0}' #切割出前三列，打印全部
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1}' #切割出前三列，打印第1列
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $2}' #切割出前三列，打印第2列
cut -f 1-3 test.bed |awk '{print $1":"$2","$3}' #切割出前三列，在第1、2列之间加个":"，2、3列之间加 ","
- sort：排序
sort -k2,2nr test.bed |cut -f 1-3 # '-k2，2'按照第2列来排序，'n'是number，'r'是reverse
- tr：将一组自负变成另一组字符
echo $PATH|tr ':' '\n' '\n'相当于换行符
6.如何安装软件？
echo $PATH|tr ':' '\n' #再ls可查看各路径下系统已经装好的命令
若没有可执行的命令，要重新安装软件。
软件安装：
大部分软件需要通过搜索官网找到二进制的源代码下载，例如samtools安装代码入下
cd ~/biosoft
mkdir samtools && cd samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2
tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2 #tar：解压
cd samtools-1.3.1
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin
make
make install
~/biosoft/myBin/bin/samtools --help
安装后用全路径开始调用，能弹出帮助文档即调用成功。
不同文件格式对应不同的解压代码，如下：
'tar' -xZf all '.tar.z '
'unzip' all'.zip'
'bunzip2' all'.bz2'
'uncompress' all '.zip'
7.如何调用？
首先要知道Bowtie2是用来做什么的呢？Bowtie2是一个做比对的软件，要做比对要有参考基因组和fastq测序文件，而参考基因组需要构建索引，所以要我们就要知道Bowtie2如何构建索引，及接下来如何进行比对。
只有是一个可执行软件时才能后调用他，三种方法可以调用：
-
设置变量：先赋值 再$bowtie
-
使用 alias （alias 类似别名）
-
环境变量 echo $PATH、path
(要想这个软件永久保存，必须要添加到.bashrc里）
环境变量就是把一些东西放到快捷方式里，让你能够快速使用它。
~/.bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件，当bash shell被打开时,该文件被读取。
source ~/.bashrc #后永久生效
环境变量就是把一些东西放到快捷方式里，让你能够快速使用它
~/bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件，当bash shell被打开时,该文件被读取。
fastq文件4行
构建索引就是把fasta文件变成有大小顺序的六个文件。
9.脚本要学会哦
- 文件名不要以数字开头
- 命名时不要"."，"-"，"_"混在一起，会让人困惑。
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