3.去可视化的命令行
每当我在百度或者谷歌搜索一些生物学问题的时候，我总能搜索到来自生信技能树或生信菜鸟团的答案，覆盖范围非常广泛。
cat：查看文件
cat test.bed #查看test.bed的内容
cat > test.bed #在test.bed里输入内容，按q退出
wc：查看文本行数
wc test.bed
10 88 3099 test.bed
head：不输入参数情况下查看文本前十行
head txt.bed
wget：从指定的URL下载文件
wget https://www.bilibili.com/video/av28813815/?p=5
从fa文件中退出：按字母q
man：可查看帮助文档
cut -f 1 test.bed
#'-f'的作用是告知cut，我想按列取文本，'1'是取每一行的第一列，'test.bed'是目标文件
cut -f 1-3 test.bed '1-3'取1-3列
tr：将一组字符变成另一组字符
6.软件安装
echo $PATH|tr ':' '\n' #再ls可查看各路径下系统已经装好的命令
若没有可执行的命令，要重新安装软件。
软件安装：
大部分软件需要通过搜索官网找到二进制的源代码下载，例如samtools安装代码入下
cd ~/biosoft
mkdir samtools && cd samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2
tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2 #tar：解压
cd samtools-1.3.1
./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin
make
make install
~/biosoft/myBin/bin/samtools --help
安装后用全路径开始调用，能弹出帮助文档即调用成功。
不同文件格式对应不同的解压代码，如下：
'tar' -xZf all '.tar.z '
'unzip' all'.zip'
'bunzip2' all'.bz2'
'uncompress' all '.zip'
7.如何调用？
首先要知道Bowtie2是用来做什么的呢？Bowtie2是一个做比对的软件，要做比对要有参考基因组和fastq测序文件，而参考基因组需要构建索引，所以要我们就要知道Bowtie2如何构建索引，及接下来如何进行比对。
只有是一个可执行软件时才能后调用他，三种方法可以调用：
-
设置变量：先赋值 再$bowtie
-
使用 alias （alias 类似别名）
-
环境变量 echo $PATH、path
(要想这个软件永久保存，必须要添加到.bashrc里）
环境变量就是把一些东西放到快捷方式里，让你能够快速使用它。
~/.bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件，当bash shell被打开时,该文件被读取。
source ~/.bashrc #后永久生效
环境变量就是把一些东西放到快捷方式里，让你能够快速使用它
~/bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件，当bash shell被打开时,该文件被读取。
fastq文件4行
构建索引就是把fasta文件变成有大小顺序的六个文件。
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