SCENIC转录因子分析-细胞量较大的情况

SCENIC官网上的标准流程只适用于细胞数较少的情况，试了一下60000多个细胞，在GENIE3那一步卡了好几天，part1还没跑完呢。因此尝试了一下随机取60000多细胞中的5000个来做GENIE3，跑了一天多跑完了，感觉这个速度还可以接受。记录脚本如下：

#基因表达matrix构建（从seurat对象中）：

data<-readRDS("../../mouse_all_remove_RBC.rds")

count<-data@assays$RNA@counts

count<-as.matrix(count)

#从数据中随机抽取5000个细胞做Genie3。

#从genesKept步骤算起，到运行完成耗时约28h。

names<-colnames(count)

number<-length(names)

snumber<-sample(number,5000)

exp_sub<-counts[,snumber]

genesKept <- geneFiltering(exp_sub, scenicOptions)

exp_sub_filtered <- exp_sub[genesKept, ]

runCorrelation(exp_sub_filtered, scenicOptions)

exp_sub_log <- log2(exp_sub_filtered+1)

runGenie3(exp_sub_log, scenicOptions)

#后续步骤使用全部表达数据即可。

exprMat_log <- log2(counts+1)

scenicOptions@settings$dbs <- scenicOptions@settings$dbs["10kb"] # Toy run settings

runSCENIC_1_coexNetwork2modules(scenicOptions)

runSCENIC_2_createRegulons(scenicOptions, coexMethod=c("top5perTarget")) # Toy run settings

runSCENIC_3_scoreCells(scenicOptions, exprMat_log)

后续有新进展再补充