下载GDC hub所有counts数据

作者: 王诗翔 | 来源:发表于2019-04-30 13:59 被阅读9次

下载GDC hub所有counts数据
TCGA数据下载、整理、注释
TCGA-官网下载
使用官方gdc-client软件下载TCGA数据
TCGA_gdc_client terminal下载——>id
TCGA数据下载方式知多少
TCGA数据下载和整理的三种方法
TGCA数据的标准化以及差异分析
gdc-client 下载TCGA数据
TCGA临床资料的下载和整理

使用dplyr筛选，使用UCSCXenaTools下载，就下面几行代码~ 想下载其他数据再下面的基础上改动即可。

library(dplyr)
library(UCSCXenaTools)

XenaData %>% 
    filter(XenaHostNames == "gdcHub") %>%  # 选择GDC hub
    filter(XenaCohorts != "GDC Pan-Cancer (PANCAN)") %>% # 过滤掉Pancancer数据
    filter(Label == "HTSeq - Counts") %>% # 选择counts数据
    XenaGenerate() %>% 
    XenaQuery() %>% 
    XenaDownload() # destdir可以指定下载路径

下载GDC hub所有counts数据
使用dplyr筛选，使用UCSCXenaTools下载，就下面几行代码~ 想下载其他数据再下面的基础上改动即可。
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gdc-client下载下载地址[https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-...
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