https://github.com/YangLab/RNAlight
1.下载安装RNAlight

git clone git@github.com:YangLab/RNAlight.git 

依赖一堆python包

  conda create -n RNAlight python=3.6.10
  conda activate RNAlight
 conda install scikit-learn=0.20.3 numpy=1.17.0 pandas=0.21.0 lightgbm=3.1.1
  conda install shap==0.34.0
  conda install seqkit=0.14.0

使用方法：

输入的是mRNA序列时，命令如下
RNAlight -q Your_query_mRNA.fasta -m -p mRNA -o RNAlight_mRNA

输入的是RNA序列(AGCU)时，命令如下
RNAlight -q Your_query_RNA_format.fasta --RNA -p RNA_format -o RNAlight_RNA_foramt

输入的是cDNA序列时，命令如下
RNAlight -q $RNAlight/example/Query.fa -p Test -o RNAlight_Test

输出结果解析：

Test_RNAlight_predict_df.txt
第一列是id, 第三列是预测的位置（0或1,0代表细胞质，1代表细胞核）

测试了1个序列，生物实验验证的结果和预测的刚好相反。