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AmyTree算法

AmyTree算法

作者: orz_wohencai | 来源:发表于2016-01-14 13:31 被阅读0次

1. input要求:四个文件,Y-SNP基因型, 树文件, 编译名称文件,参考序列

2.  Call Quality test:高质量则用ref+变异一起做分析,低质量则用变异做分析

3. Y-SNP来判断个个节点的状态: 高质量时,match 85%为true, 低质量时,match 5%为true

4.V算法: return所有叶子节点是True的情况

5. h算法:return节点,这些节点没有自节点为True,或已经到了叶节点

6.c算法:只有叶子节点的祖先节点在h算法中被return了,才保留

7.s算法:如果C算法中还有多个,则报告最深度的叶节点

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