bedtools intersect 常用

• 输出两个文件的染色体位置的交集，这里输出的是 1.bed 和 2.bed 位置取交集后的坐标，跟两文件原位置坐标信息不一样

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed

• 输出有交集的 1.bed 的原位置坐标 -wa

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -wa

• 输出有交集的 1.bed 的取交集后的位置坐标，以及输出有交集的 2.bed 的原位置坐标 -wb

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -wb

• 输出两个文件的染色体位置的交集，输出的是 1.bed 和 2.bed 的原位置坐标 -wa -wb

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -wa -wb

• 输出两个文件的染色体位置的交集：原位置坐标，以及交集的bp数量 -wo

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -wo 

• 不管有没有交集，都输出 1.bed 的交集信息和bp数量 -wao
  对于A文件中染色体位置，如果 1.bed 和 2.bed 染色体位置有 overlap，则输出 1.bed 中的染色体原位置信息，2.bed 中的染色体原位置信息，以及 overlap 的 bp 长度；如果 1.bed 和 2.bed 没有 overlap，则 2.bed 处用 '. -1-1' 补齐文件，bp长度不显示

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -wao  

• 输出 1.bed 中交集原位置信息，以及有多少 2.bed 中染色体位置与之有重叠（交集） -c

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -c 

• 输出 1.bed 中交集原位置信息，以及 2.bed 中染色体位置与1.bed至少有X%（X可=1）的overlap的原位置坐标。

bedtools intersect -a 1.bed -b 2.bed -f X -wa -wb