bedtools intersect用法 (intersectB

默认用法为：

bedtools intersect [OPTIONS] -a <FILE> \
                             -b <FILE1, FILE2, ..., FILEN>

或者：

intersectBed [OPTIONS] -a <FILE> \
                             -b <FILE1, FILE2, ..., FILEN>

1.默认
默认情况下取两个文件的交集区域：

cat A.bed
chr1 10 20
chr1 30 40

cat B.bed
chr1 15 18


intersectBed -a A.bed -b B.bed
chr1 15 18

2. -wa -wb参数
   -wa 输出有overlap区域的原-a文件中的内容：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -wa
输出：
chr1 10 20

-wb会输出overlap的区域和其中-b文件中的内容：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -wb
输出：
chr1 15 18 chr1 15 18

-wa -wb 输出overlap的区域所在-a和-b中的原内容：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -wa -wb
输出：
chr1 10 20 chr1 15 18

3. -v 参数

-v输出在-a参数文件中没有overlap的区域：

intersectBed -a A.bed -b B.bed -v
输出：
chr1 30 40

4. -wo
   输出overlap的长度：

 intersectBed -a A.bed -b B.bed -wo
输出：
chr1 10 20 chr1 15 18 3

此外还有一点要注意，假如是看两个位点是否一致，这里是不可以的，比如：

C.bed：
chr1 10 10
D.bed:
chr1 11 11

intersectBed -a C.bed -b D.bed -wa -wb
输出：chr1 10 10 chr1 11 11

也就是这里会认为是overlap的。但是，C.bed和D.bed第三列分别加1，即C.bed改成chr1 10 11, D.bed改成chr1 11 12，则不会有overlap了。