转录因子附着双链DNA时都是插入在DNA双链的大沟里的，大沟含有较多的结构信息。
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DNA双螺旋拓扑学即蛋白质从双链上拉下来时DNA双链有张力，蛋白质附着在DNA双链上则力学平衡，例如提质粒时总会有超螺旋。
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A-T键能小于G-C键能，A/T顺序更易解链，因此在需要快速解链的区域A/T碱基对比例较高，如启动子区。
RNA为什么容易降解：2‘-OH非常靠近连接两个核苷酸的磷酸二酯键位置，使RNA的磷酸二酯键对碱性环境变得十分敏感，即使在正常细胞内略微偏碱的PH条件下也很容易降解。
为什么RNA远比DNA分子量小很多？长链RNA增加了2‘-OH与磷酸脂键互作引起分子断裂的可能，限制了RNA长度的增加。
胞嘧啶脱氨基后转变为尿嘧啶；细胞内化学环境容易使胞嘧啶脱氨基；细胞中缺少修复RNA碱基突变的酶，一旦胞嘧啶脱氨基转变为尿嘧啶后，即无法更正，容易积累大量突变。
蛋白质二级结构：α-螺旋、ß-折叠、转角（turn）
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动物中单拷贝顺序较多，没有加过倍，而植物基因组大量加倍。
端粒和着丝粒等位置有大量高度重复顺序。
基因家族：同一物种或不同物种中来自一个共同的祖先，因加倍趋异而产生的一组具有相似顺序组成的基因成员，1，具有25%以上的氨基酸顺序相似性；2，具有相同的功能域。
超基因家族：来自一个共同的祖先，由相似的碱基顺序组成的多个基因家族的总称。
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Locus为遗传学上抽象的位置，site为具体DNA顺序或位置。
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注：当LOD>3时，可认为两个位点是连锁的。如果LOD<-2，两个位点是不连锁的。如果-2<LOD<3，连锁关系不确定。LOD值只给出连锁可能性，不给出图距。
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