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《基因组学》课程-学习笔记之一

《基因组学》课程-学习笔记之一

作者: 生信石头 | 来源:发表于2019-01-12 09:36 被阅读139次

    写在前面

    分子生物学相关知识的学习,可能一直停留在大三阶段。那会看完了几本书,自我认为目前为止,可以满足与多数人的日常交流。然而,一方面当时是囫囵吞枣,不甚了解;另一方面,时间过去太久,年龄也不小了,一直用不上的部分,早已忘却(多数知识点,在讨论学术问题时,完全用不上)。
    约莫是那个时候,我发现了很多优质的网络公开课,上研究生之后,就也基本没看。往往是时间问题,所以我对高铁这个过程,又爱又恨。
    漫长的车程,让人难受;而事实上,也只有在这个短暂的时间,才能静下心学习。看看一些网络课程,在火车上,比看书简单得多,至少,摇晃也没有感觉,而且不用翻书。
    最近坐高铁多了,一直在看复旦大学-杨金水老师的《基因组学》这门课程,感觉挺不错。
    做一些小的笔记。

    一些截图与个人笔记


    基因组测序的常见路线。虽然现在一上来就是三代,HiC,光学图谱,不过分析逻辑并没有大的变化。


    目前我们课题组在做一个物种的基因组,总的来说...感觉杂合度更高....


    群体多态性组成频率 PIC。主要是记录概念,0.25



    PIC的计算公式 与 实例


    这个图是乱入的,在社交网站上看到的,感觉不错,可以帮助一些人搞清楚一些概念。


    常染色质,异染色质... 基因密度。


    真核生物的三种RNA聚合酶(植物的有Pol IV...) 不同的聚合酶负责不同的基因转录。5.8S 和 5S 是不同聚合酶转录的产物


    28S 18S 5.8S 成簇分布 并 形成 重复的单元。


    tRNA的启动子在基因的内部


    增强子的效率 与 增强子 和 启动子 之间距离 是否是 整倍数 相关。


    转录前起始复合物和延伸复合物
    在转录开始后,转录起始复合物多数仍然保留并等待下一个延伸复合物。


    测序深度在10x以上,然而看我们手上的数据...嗯,还是至少30x 50x吧


    原来内含子剪切除了 GT-AG之外,还存在其他的特点....


    hypothetical...其实就是纯粹的 基于文本的预测。


    2011年,做个BinGO发个Nature....

    写在最后

    很多时候,你的落后是注定的;也是无关紧要的。生活是否快乐,或许只是你是否愿意接受现状而已。

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