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samtools的库的问题

samtools的库的问题

作者: 灵动的小猪 | 来源:发表于2018-08-20 21:19 被阅读64次

    今天遇到了一个和昨天一样的问题,但是因为没有真正明白是怎么回事,所以就又找了好长时间的原因,现在只能说是理解了个大概吧,因为是一个软件依赖的领另外的软件有冲突导致的,这时就需要避免这样冲突的发生。

    因此,以后遇到问题一定要搞明白是怎么回事,不仅仅是解决问题就可以了,虽然我自己的记性不好,需要多次学习和实践。

    虽然使用conda会带来很多的问题,但是比较方便,所以可以使用conda 创建新环境,进行不同的分析使用不同的环境,这样就不会因为某个软件的安装问题而删除所有的软件。

    今天在使用samtools时遇到了下面的问题,这个samtools是刚安装的,那出问题了呢
    samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
    那就去找一下libtinfow.so这个文件在哪,它是什么版本的,然后发现这个文件是在ncurses目录下,它的版本是6,因此可以判断问题就出在这

    image.png

    问题的解决办法是使用conda-forge库去安装ncurses。
    conda install -c conda-forge ncurses

    参考:

    如何用conda安装软件|处理conda安装工具的动态库问题
    使用不当导致环境变量被conda污染

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