论文题目
Characterization and identification of long non-coding RNAs based on feature relationship
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/17/2949/5288512?login=true
本地文件名 btz008.pdf
我是在简书看到的这个工具的介绍
一款简单好用的lncRNA预测工具：LGC
链接是
https://www.jianshu.com/p/4771abde0e45
工具有网页版和本地版，网页版对上传的文件大小有限制
网页版链接
https://bigd.big.ac.cn/lgc/calculator
试了一下两条序列速度还是很快的
image.png
结果以表格的形式给出，还挺好理解的
本地版下载链接
https://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT000004
需要python2.7和biopython
直接使用conda安装吧，首先新建一个虚拟环境
conda create -n LGC python=2.7
激活虚拟环境
conda activate LGC
安装biopython
conda install biopython
解压软件
tar -zxf LGC-1.0.tar.gz
将在线版的两条序列复制到文件里，作为示例数据运行试试
用起来很简单，直接指定输入数据和输出文件就可以
python LGC-1.0.py LGC_example.fasta output.txt
image.png
之前还有一个软件叫 NAMS webserver: coding potential assessment and functional annotation of plant transcripts
可以将多个软件的预测结果综合起来
欢迎大家关注我的公众号
小明的数据分析笔记本
小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
网友评论