Gene id 的转换方式

先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来

library(org.Hs.eg.db) #基因注释包。

基因集准备

gene <- write.csv("gene.csv")

第一种方法

安装clusterProfiler包，bitr转换ID函数属于这个包
BiocManager::install(clusterProfiler)
library("clusterProfiler")

gene.df <- bitr(gene, fromType = "ENTREZID", #fromType是指你的数据ID类型是属于哪一类的
                toType = c("ENSEMBL", "SYMBOL"), #toType是指你要转换成哪种ID类型，可以写多种，也可以只写一种
                OrgDb = org.Hs.eg.db)

第二种方法

library(AnnotationDbi)
mySymbols <- mget(gene,
                  org.Hs.egSYMBOL, #这个是可以选择的，选择不同，转换的ID类型也不一样
                  ifnotfound=NA)
转换成Symbol ID
head(mySymbols)
class(mySymbols)

第三种方法

geneIDselect <-select(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包
                      keys=gene,
                      columns=c("SYMBOL","ENSEMBL","GENENAME"), #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，这里选择三个。
                      keytype="ENTREZID" )#函数里面的keytype与keys参数是对应的，keys是你输入的那些数据，keytype是指这些数据是属于什么类型的数据。 
head(geneIDselect)

第四种方法

gene <-mapIds(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包
                      keys=gene,
                      column="SYMBOL", #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，只能选择一个。
                      keytype="ENTREZID" )#函数里面的keytype与keys参数是对应的，keys是你输入的那些数据，keytype是指这些数据是属于什么类型的数据。 
head(geneIDselect)

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