microRNA数据库之mirDIP

microRNA又称miRNA，长度约为21-25nt，主要功能是RNA沉默和基因表达的转录后调控。这里我给大家介绍一个microRNA的数据库，mirDIP。需要注意的是，这个数据库中只有人类的mirRNA数据。

官网： http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp

首先，我们看一下数据库的主页，整个数据库的架构还是很清楚的。主页分为三块：

1. 标题，mirDIP的完整名称，microRNA Data Integration Portal，很清楚的告诉我们这个是一个整合数据库。
2. 工具栏，分为Unidirectional search、Bidirectional search等等，下面我们会一一介绍。
3. 搜索栏，上半部分是搜索框，下半部分是搜索的选项。

image.png

Unidirectional search

单向搜索，即每次只能搜索基因或者microRNA

这里，我们利用示例，先搜索与示例中的几个基因有关的microRNA。结果部分既提供了找到的与某个基因有关的microRNA(第五列)，还有该基因相关信息的外部链接(第一列)，第六列则说明在mirDIP整合的30个数据库中，有多少数据库能查到这个基因与某个microRNA具有相互作用。 image.png 同样，我们以示例中的microRNA来查找， image.png

Bidirectional search

双向搜索，同时提供基因列表和miRNA列表，寻找重叠的相互作用

还是同样，利用示例进行学习。 image.png

miRNA-gene matrix

得到基因列表与所有相关miRNA构成的矩阵。

点击miRNA-gene matrix，出现下拉菜单，里面有两个选项，『Search gene symbols』和『Search miRNAs』 image.png 首先，我们选择Search gene symbols image.png 然后，选择Search miRNAs image.png

Statistics

数据库统计信息

点击statistics，可以看到mirDIP整合的数据来源。 image.png

Downloads

下载

点击Downloads，需要提交申请。 image.png

至于工具栏后面的三个就没什么意义了。

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以上就是mirDIP数据库的用法，最后我给大家留个小练习

搜索TP53、BRCA2、APP三个基因的相关miRNA

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