生物医学研究人员如果想要知道基因与疾病间的关系,往往需要查阅大量的文献,耗时耗力。那生物医学文献的自动挖掘,基因与疾病关系的自动提取就成为一种需要。
一、DTminer简介
这里,我介绍给大家一个网页工具DTminer。2016年,这个工具在『Bioinformatics』杂志上发表。
惯例,先给出文章
DTMiner: identification of potential disease targets through biomedical literature mining
网址:https://gdr-web.rwebox.com/public_html/index.php
该网页工具有上海交大的研究人员开发,主页如下:
主页
二、DTminer中的信息来源
- Gene library
基因信息主要来自于NCBI中的gene数据库、HGNC、Uniprot数据库
- Disease term library
Disease Ontology、MedDRA、UMLS、IDDB
- Biomedical literature database
MEDLINE 、the U.S. National Library of Medicine journal citation database
- Annotated data
Genetic Association Databases、MEDLINE
- Ground truth
DisGeNET
二、DTminer使用
1. 查找疾病相关基因(以lung cancer为例)
点击『Disease Search』或者『Disease Syn』,输入『lung cancer』,点击submit后,出现所有与lung cancer有关的词[Figure 1-1]。
Figure 1-1
此处我选择第一个词,出现Figure 1-2
Figure 1-2
在Figure 1-2中,我尝试点击『Evidence』下的"-->",进入参考文献界面,如下图所示,
在Figure 1-2中,我尝试点击『Gene Name』下的"epidermal growth factor receptor",进入基因相关疾病界面,如下图所示,
2. 查找基因相关疾病(以tp53为例)
点击『Gene Search』或者『Gene Syn』,输入『tp53』,点击submit后,出现所有与tp53有关的词[Figure 2-1]。
Figure 2-1
同样的,这里我选择第一个词,进入如下界面:
Figure 2-2
大家观察一下就可以发现Figure 2-2与Figure 1-4是相似的,这里我就不再多介绍了。
三、DTminer可能使用场景
(1)刚研究某个疾病,需要全面了解一下与该疾病相关的一些基因;
(2)实验或者数据库中挖掘出一个感兴趣的基因,想知道该基因是否与某个疾病相关;
。。。。。。
四、小任务
我想知道哪些基因与糖尿病性高血压有关~~~
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