方法一

在R中如何利用ENSEMBL ID获得Gene ID(ENTREZID), 又或者转换为Gene Symbol，以人为例：

预先安装AnnotationDbi 和 org.Hs.eg.db

加载org.Hs.eg.db

> library(org.Hs.eg.db)

获取所有的ENSEMBL ID，并查看前五个ID

> k=keys(org.Hs.eg.db,keytype = "ENSEMBL")
> head(k,5)
[1] "ENSG00000121410" "ENSG00000175899" "ENSG00000256069" "ENSG00000171428" "ENSG00000156006"

基于提取的ENSEMBL ID，提取对应的所有Gene ID(ENTREZID)，(以及Symbol），并查看一下提取的内容。

> list=select(org.Hs.eg.db,keys=k,columns = c("ENTREZID","SYMBOL"), keytype="ENSEMBL")
#'select()' returned 1:many mapping between keys and columns
> dim(list)
[1] 29140     3
> head(list,5)
          ENSEMBL ENTREZID SYMBOL
1 ENSG00000121410        1   A1BG
2 ENSG00000175899        2    A2M
3 ENSG00000256069        3  A2MP1
4 ENSG00000171428        9   NAT1
5 ENSG00000156006       10   NAT2

预先准备的ENSEMBL ID，如何找到他们对应的Gene ID(ENTREZID)和Symbol，例如ID 中的，获得的对应关系：ID_list

> ID
 [1] "ENSG00000256069" "ENSG00000127837" "ENSG00000129673" "ENSG00000276016" "ENSG00000075624" "ENSG00000204262"
 [7] "ENSG00000149294" "ENSG00000069943" "ENSG00000173992" "ENSG00000166171" "ENSG00000177201"
> ID_list=list[match(ID,list[,"ENSEMBL"]),]
> ID_list
              ENSEMBL ENTREZID SYMBOL
3     ENSG00000256069        3  A2MP1
8     ENSG00000127837       14   AAMP
9     ENSG00000129673       15  AANAT
30    ENSG00000276016       29    ABR
59    ENSG00000075624       60   ACTB
1017  ENSG00000204262     1290 COL5A2
3856  ENSG00000149294     4684  NCAM1
7605  ENSG00000069943     9488   PIGB
8058  ENSG00000173992     9973    CCS
10155 ENSG00000166171    25911   DPCD
17531 ENSG00000177201   127064 OR2T12</pre>

方法二

ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler）
ID转换用到的是bitr()函数，bitr()的使用方法：

>bitr(geneID, fromType, toType, OrgDb, drop = TRUE)

geneID：一个含有gene_name的矢量
orgDb：人类的注释包是 org.Hs.eg.db
fromType：输入的gene_name的类型
toType：需要转换成的gene_name的类型，可以是多种类型，用大写character类型向量表示

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