美文网首页
组装简介

组装简介

作者: rong酱 | 来源:发表于2020-08-31 18:41 被阅读0次

基因组 应该是 生信分析的基因组。一个好的基因组会让生信分析事半功倍。
基因组组装简单的理解:借助工具进行 reads连接。
工具一般是指软件。

1:组装的软件

针对数据的不同,一般的组装软件 也有所不同。
pacbio的组装软件是 falcon;
ONT的组装软件是 wtdbg;
还有一些其他的较好的软件 :canu、nextdenovo;

reads 连接完之后,需要进一步的矫正,所以 需要借助到矫正的软件。

2:矫正的软件

三代的矫正软件:racon;
二代的矫正软件:nextpolish 、polish;

经过测试 ,推荐大家使用 nextpolish,矫正次数 2-3次 足以。

基因组组装结束,需要评判组装的好与坏,目前一般基因组的评估软件:busco。

相关文章

  • 组装简介

    基因组 应该是 生信分析的基因组。一个好的基因组会让生信分析事半功倍。基因组组装简单的理解:借助工具进行 read...

  • 使用ALLMAPS进行辅助组装得到准染色体水平基因组

    使用ALLMAPS进行辅助组装 简介 在从头组装过程中,确定基因组的scaffolds/contig的顺序和朝向是...

  • 一文详解GATK-HaplotypeCaller 变异检测原理和

    要点 1. GATK-HaplotypeCaller简介 2. GATK-HaplotypeCaller的基本组装...

  • 宏基因组分析笔记之binning

    一、宏基因组简介: reads→(根据overlap组装)→ contig重叠群 → (构建454 paired-...

  • Raven | 未校正、长reads的从头基因组组装工具

    一、简介 Raven是三代raw reads的组装软件。它首先通过 chaining minimizer hits...

  • BUSCO 安装备忘

    简介 BUSCO是一款对转录组和基因组组装质量进行评估的软件,它可以利用相近的物种的保守序列与组装的结果进行比对,...

  • 三代组装软件Canu简介

    作者:May审稿:童蒙编辑:angelica 对于长读长序列组装,之前已经简单介绍了几款常用软件(详见三代组装软件...

  • eslint 从0到1

    简介 ESlint 可组装的javaScript和JSX检查工具, 提供一个插件化的javascript代码检测工...

  • 精益游戏1

    人物简介: 赵经理生产运营经理吴宇飞喷涂车间领班夏超波组装车间主管王梦华注塑车间领班王莉组装车间副主管苏小红注塑车...

  • 机器视觉SDK简介

    简介 假设你想要组装一辆模型车,而你只对汽车本身感兴趣,不想关心零部件的切割线或冲压金属板等细节,也不想为组装所需...

网友评论

      本文标题:组装简介

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/iiljsktx.html