基因组 应该是 生信分析的基因组。一个好的基因组会让生信分析事半功倍。
基因组组装简单的理解:借助工具进行 reads连接。
工具一般是指软件。
1:组装的软件
针对数据的不同,一般的组装软件 也有所不同。
pacbio的组装软件是 falcon;
ONT的组装软件是 wtdbg;
还有一些其他的较好的软件 :canu、nextdenovo;
reads 连接完之后,需要进一步的矫正,所以 需要借助到矫正的软件。
2:矫正的软件
三代的矫正软件:racon;
二代的矫正软件:nextpolish 、polish;
经过测试 ,推荐大家使用 nextpolish,矫正次数 2-3次 足以。
基因组组装结束,需要评判组装的好与坏,目前一般基因组的评估软件:busco。
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