BUSCO 安装备忘

简介

BUSCO是一款对转录组和基因组组装质量进行评估的软件，它可以利用相近的物种的保守序列与组装的结果进行比对，根据比对上的序列比例和序列完整性来评价拼接结果的准确性和完整性。

该软件最近更新非常迅速，安装中遇到的问题也大多被作者debug了。

安装

依赖关系非常多，推荐conda安装。

conda create -n your_env_name  python=3.8
conda activate your_env_name
conda install -c bioconda -c conda-forge busco=4.1.2 augustus=3.3.3

安装和使用中可能的问题

1. busco=4.1.3 不稳定，作者建议4.1.2 或者 4.1.4.
2. python 3.6 可能影响busco安装或运行。
3. ERROR: This cross-compiler package contains no program.../miniconda3/envs/busco4_env/bin/x86_64-conda-linux-gnu-gfortran。
   解决：chmod -R u+x .../miniconda3/envs/busco4_env/bin/x86_64-conda-linux-gnu-gfortran。
4. 可能前面的版本还有biopython 1.77的依赖情况。
5. ERROR: Please specify a BUSCO config file using either (i) an environment variable by entering 'export BUSCO_CONFIG_FILE=/path/to/config.ini'
   • a. 官网下载config.ini
   • b. 修改config.ini文件中软件的bin路径，conda安装一般都是 /path/to/miniconda3/envs/busco4/bin/（which tool 查看）
   • c. 按照习惯将config.ini 放在/path/to/miniconda3/envs/busco4/config/下。
   • d. 在.bashrc申明（export）config.ini所在路径。
   • e. 或用官方的busco_configurator.py 进行配置.