R语言地图展示再尝试

R语言地图展示有多强大呢？

The Power of Inbreeding: NGS-Based GWAS of Rice Reveals Convergent Evolution during Rice Domestication【1】
NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice【2】

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上周基本上完成了地图展示之后，我探索了一下Rice_3K【3】的数据。

先贴上结果吧。

rice_3k 样品分布图
具体的过程还是有很多坑的、、、、、、
先是轻轻松松找到了Rice_3K的数据。得到数据之后只有国家和地区，但是呢没有具体的经纬度，怎么办呢？
先是想到了用国家的首都的经纬度来代表国家的经纬度，好吧，说干就干吧。
首先找国家的首都就找到崩溃，还感动自己说大晚上的还在加班。结果呢，Google一下，全球的大多数国家和地区的信息都有了，包括了经纬度（数据见文末）。一个VLOOKUP函数就搞定了。再把没有信息的那些数据删除，就得到了clean_data。下一步，直接Run R Code就完事了。
如果需要很详细的经纬度， 那有两个网站选择：
【国外地理位置】
【国内地理位置】

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代码如下：

rm(list = ls())

#加载需要的包
library(ggplot2)
library(maps)

#数据加载
data <- read.table("3k_data.txt",header = T)

#创建空的地图
mp <- NULL

#创建一个世界地图
worldmap <- borders("world",colour = "gray50", fill = "cornsilk")

mp <- ggplot() + worldmap + ylim(-90,90) + xlim(-180,180)
map <- mp + 
    geom_point(aes(x = data$Longitude, y = data$Latitude, color = data$group), size = 4)+
    scale_size(range = c(2, 9))+
    ggtitle("")+
    theme_classic(base_size = 16)+
    theme(axis.line = element_blank(),
          axis.title= element_blank(),
          axis.text= element_blank(),
          axis.ticks= element_blank(),
          plot.subtitle = element_text(vjust = 1), 
          plot.caption = element_text(vjust = 1), 
          plot.title = element_text(hjust = 0.5),
          panel.grid.major = element_line(linetype = "blank"), 
          panel.grid.minor = element_line(linetype = "blank"), 
          panel.background = element_rect(fill = NA, color = "black", size = 1),
          legend.title = element_blank(),
          legend.background = element_rect(color = "white"),
          legend.position = c(0.1,0.35),
          legend.key.height = unit(1,"cm"),
          legend.box.background = element_blank(),
          legend.key = element_rect(color = "white"),
          legend.text = element_text(size = 15))

#查看地图
map
  
#保存地图(不同文件格式)
for (i in 1:3) {
    file_types <- c(".pdf",".jpeg",".tiff")
    FileName <- paste("Samples Distribution of Rice_3K", file_types[i], sep = "")
    ggsave(FileName, width = 15, height = 12)
}

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【1】The Power of Inbreeding: NGS-Based GWAS of Rice Reveals Convergent Evolution during Rice Domestication
【2】NRT1.1B is associated with root microbiota composition and nitrogen use in field-grown rice
【3】Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice
【4】本文相关数据GitHub链接