Prefetch

作者: YX_Andrew | 来源:发表于2019-03-08 23:33 被阅读45次
我们下载一个SRA数据,SRR1972917,直接输入SRA ID即可。
prefetch SRR1972917
1、prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目录里。

ll ~/ncbi/public/ 
2、默认下载的是sra格式数据,可以使用fastq-dump将sra转换为fastq了。

fastq-dump --gzip --split-3 SRR1972917.sra
3、其实,也可以直接使用fastq-dump下载数据,下载之后直接即使fastq格式,不过还是选择prefetch比较好,因为sra数据格式比fastq格式占用空间较小,下载速度快;另一方面,sra也方便断点续传。

#直接利用fastq-dump下载数据
fastq-dump --split-files SRR1972917

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