很久没有做个免疫浸润的分析了，转眼间，两大主流免疫浸润工具都发布了2.0版本，CIERSORT更新为CIERSORTx，timer更新为timer2.0。
image-20200510220752415.png
image-20200510220815646.png
接下来，小伙伴们就和小编一起学习一下timer2.0吧。
从上面的首页中，我们可以看到timer2.0分成了三个板块，分别是免疫相关性、肿瘤探索和免疫估计。
免疫相关性
image-20200510221117766.png
与之前类似，免疫相关性分为三个模块，基因、突变、sCNA和结果，我们以CXCL12为例介绍这几个模块。
image-20200510222340129.png
gene_table (1).jpg
可以看到得到的工具比之前更加强大，细胞类型比之前更丰富了，分析方法也更多样了。
在看TP53的突变分析结果
image-20200510222732528.png
mutation_table.jpg
结果也比之前更加丰富，信息量更大了。
其他两类都比较类似，就不再展示了，下面我们看一下肿瘤探索部分。
肿瘤探索
首先是一张经典的箱线图，延续了上一版本的风格：
genede_plot.jpg
Cox回归分析：
image-20200510223305760.png
geneoutcome_table.jpg
分析突变与基因表达的关系，可以直接比较一个基因家族。
genemutation_table.jpg
CXCL12与CXCR4的相关性分析，可以看到多种肿瘤中存在正相关关系。
genecorr_table.jpg
最后免疫估计部分需要自己上传表达矩阵，我就不演示了，感兴趣的小伙伴可以自己摸索哦。
好了，今天的推文就到这里，我们下次再见吧。
网友评论